为了适应海运事业的专业性、高效性的需求，桂钦海运集团实行董事会领导下的总经理负责制，下设海务部、机务部、航运部、体系办、人事部、财务部等部门。公司员工共295人，其中公司管理人员35人，船员260人。公司高层管理人员全部为具有丰富远洋经验的船长、轮机长；所属船员260人均经过专门的培训，持证上岗；且船长、轮机长等一批优秀的航运人才均来自于“中国航海家的摇篮”— —大连海事大学和集美航海大学。